پس از رحلت حضرت امام(ره) اقبال گسترده ای از جانب مقلدین قدیم و جدید به رهبر معظم انقلاب صورت گرفت. بسیاری از مقلدین امام خمینی(ره) ترجیح می دادند به ترتیب الاعلم فالاعلم پس از ایشان از آیت الله خامنه ای تقلید کنند.

البته آیت الله خامنه ای در پاسخ به یک استفتا بیان کرده اند:" در مسائل مربوط به اداره کشور اسلامی و اموری که به عموم مسلمانان ارتباط دارد، نظر ولی امر مسلمین باید اطاعت شود. ولی در مسائل فردی محض، هر مکلفی باید از فتوای مرجع تقلیدش پیروی نماید."

امروز مقلدین رهبر معظم انقلاب در داخل کشور، در صدر مقلدین دیگر مراجع هستند.

میزان وجوهات شرعی که مقلدین به مقام معظم رهبری می دهند نسبت به سایر مراجع قابل توجه است. با این حال آیت الله خامنه ای از روی تواضع حاضر به دادن رساله نیست و همواره به راه های دیگر ارجاع می دهند.